Die architektonische Idee war dabei, auf Grundlage der Masterplanung des Universitätsbauamtes eine Korrespondenz zwischen den vorhandenen und neuen Einrichtungen von Forschung und Wohnen im Neuenheimer Feld herzustellen und zugleich für die Blickachse in Richtung Altstadt und den dortigen universitären Einrichtungen einen markanten Punkt auszubilden. Direkt am Neckarufer entstanden in drei architektonisch aufeinander abgestimmten Turmbauten insgesamt 20.000 qm Nutz-, Büro- und Wohnfläche. Der Südturm und der Marsilius-Turm im Norden stehen auf einem Sockelbau, aus dem ein Innenhof ausgeschnitten ist. Der mittlere und größte Turm ist westlich neben dem Sockel angeordnet. Das Gebäudeensemble wird v. a. vom Uniklinikum HD und dem Marsilius-Kolleg der Universität Heidelberg genutzt. Bereichert werden sie durch Personalwohnungen des Klinikums, Gäste- und Studentenwohnungen, Büroräume für das Zentrum für Informations- und Medizintechnik des Klinikums (ZIM) und eine ökumenische Begegnungsstätte der beiden großen christlichen Kirchen. Zahlreiche Kommunikationsflächen, einschließlich einer Cafeteria, und ein Innenhof, der beschirmt von einer Linde zum Gedankenaustausch einlädt, ergänzen das Gesamtkonzept.
Die Projektbeteiligten sehen in der Realisierung der Marsilius-Arkaden ein für den Wissenschafts- und Forschungsstandort Heidelberg herausragendes Projekt. Die EPPLE Projekt hatte die Aufgabe, gemeinsam mit den künftigen Nutzern die Marsilius-Arkaden so auszuarbeiten, dass bei hoher Kosteneffizienz die Bedürfnisse aller Nutzer optimal bedient werden.