Das BMZ II, dessen Gebäude als Eingangstor des Universitätsklinikums Bonn fungiert, verfügt über Forschungsflächen (Labore und Büros) sowie sogenannte „Core Facilities“ (technische Plattformen). Zudem befindet sich im Eingangsbereich ein Wissenschaftsforum für interessierte Bürger.
Ein dreigeschossiger Bau sowie ein Staffelgeschoss zur Sigmund-Freud-Straße vermitteln zwischen der Gebäudehöhe des Laborgebäudes BMZ I und der gegenüberliegenden Wohnbebauung. Dabei werden die Raumkanten des angrenzenden Laborgebäudes BMZ I sowie die abgewinkelte Lage der Sigmund-Freud-Straße aufgenommen, sodass ein „kieselförmiger“ Baukörper entsteht. Durch diese Gebäudeform reduziert sich die Gebäudehüllfläche auf ein Minimum.
Der Haupteingang orientiert sich zur Straße und dient zugleich der universitätsinternen Erschließung. Im Eingangsbereich springt die Fassade leicht zurück, so dass ein überdachter Hauptzugang entsteht.
Die Fassade gliedert sich durch eine umlaufende Stahlbetonkragplatte geschossweise. Zwischen den einzelnen Fensterelementen sind in wechselndem Rhythmus farbige Glaslisenen und Blechemente zur optischen Gliederung angebracht.